NINJA405 membawa pemain memasuki klan tersembunyi yang beroperasi dari markas bawah tanah, kuil terbengkalai, dan lorong rahasia. Perjalanan dimulai sebagai anggota baru dengan perlengkapan terbatas serta akses menuju tugas dasar. Pemain harus mengamati lingkungan, menjaga penyamaran, dan memahami pola penjagaan sebelum menjalankan operasi yang lebih rumit.

NINJA405 Sebanyak 405 kontrak rahasia menjadi fitur utama dengan target, medan, penjaga, dan sistem keamanan yang terus berubah. Beberapa tugas berlangsung di benteng pegunungan, sedangkan kontrak lain membawa pemain menuju desa tertutup atau kawasan dengan pengawasan ketat. Setiap operasi memerlukan rute serta perlengkapan yang disesuaikan dengan keadaan lokasi.

NINJA405 Ninjato dapat dikumpulkan sebagai senjata utama dengan ketajaman, bobot, jangkauan, dan kemampuan khusus berbeda. Alat penyamaran juga tersedia untuk membantu menyembunyikan identitas, mengalihkan perhatian, atau melewati wilayah penjagaan. Pemain perlu memilih perlengkapan secara cermat agar pergerakan tetap ringan dan tidak mengganggu jalannya penyusupan.

NINJA405 Teknik kamuflase digunakan untuk menyatu dengan lingkungan, menunggu waktu aman, serta berpindah tanpa menarik perhatian. Pemain harus menyusun jalur masuk, membaca pergerakan penjaga, dan melumpuhkan sistem pertahanan secara terarah. Setiap kontrak yang berhasil diselesaikan membuka ninjato, kemampuan, serta operasi lanjutan dengan tantangan lebih tinggi.